تتولى مديرية الحسابات تأمين كافة الأعمال المحاسبية اللازمة لتدقيق الإيرادات والنفقات ومسك السجلات النظامية المطلوبة وإعداد القوائم المالية الختامية.
كما تتولى تطبيق أحكام النظام المحاسبي الأساسي الصادر بموجب المرسوم / 295 / لعام 4557
وتتألف المديرية من دائرتين (دائرة الحسابات المالية – دائرة محاسبة المواد والتكاليف) ومكتب الحاسب وأمانة السر والديوان.